در جريان تسخير لانه جاسوسي بي‌شك نقش كليدي و محوري افكار و مواضع انقلابي حضرت امام انكارناپذير است. حضرت امام كه از همان سال 1341 مبارزه علني عليه آمريكا و نوكر دست نشانده‌اش را آغاز كرد و با مخالفت با لايحه انجمنهاي ايالتي و ولايتي و جريان تصويب قانون كاپيتولاسيون، شاه و اربابش آمريكا را مستقيماً مورد حمله قرار داد.
روند مبارزه امام در سالهاي پس از 1341 و تا پيروزي انقلاب اسلامي نيز مانند گذشته عليه استعمار آمريكا تداوم داشت كه با حركت مردمي دانشجويي تصرف لانه جاسوسي، امام ضمن تأييد اين اقدام شجاعانه، آن را انقلابي بزرگتر از انقلاب اول دانستند.
اظهارات امام خميني در تبيين مشروعيت اقدام دانشجويان تسخيركننده لانه جاسوسي آمريكا در تهران بسيار روشنگر است. امام فرمودند: سفارتخانه‌ها حق ندارند كه جاسوسي كنند، توطئه بكنند و اينها جاسوسي مي‌كردند، ملتي كه براي خدا قيام كرده و شهادت، طلب مي‌كند از هيچ نمي‌ترسد. ما مدعي هستيم كه اينجا سفارتخانه نيست، اصلش قضيه سفارت نبوده و ما مدعي هستيم كه اين آدمهايي كه در اينجا بودند، اينها جزء سفارتخانه نبودند، به اسم سفارتخانه شما يك چيزي درست كرديد كه لانه جاسوسي است و بيايند ببينند كه آيا اين چيزهايي كه در اين سفارتخانه هست اينها اسباب دست جاسوسهاست يا وسايلي است كه سفارتخانه لازم دارد.
ما كه مركز جاسوسي را گرفتيم نه سفارتخانه را، اينها اگر هم يك وقت بي‌عقلي كنند و فرض كنيد بريزند به ايران، اين جوانهاي ما آنها را با چنگ و دندان از بين مي‌برند، نمي‌گذارند اينها يكيشان هم بروند. اگر هم اين كاري كه كرده بود رسيده بود به آنجايي كه بيايند در تهران و بيايند در اين لانه جاسوسي آن وقت مي‌فهميدند كه با چه اشخاصي طرف هستند. در هر صورت من از شماها تشكر مي‌كنم كه خودتان بدون اينكه غير از خدا يك كسي وادارتان كند، وارد اين ميدان شديد. دانشجويان مسلمان و مبارز كه لانه جاسوسي را اشغال كرده‌اند با عمل انقلابي خودشان ضربه‌اي بزرگ بر پيكر آمريكاي جهانخوار وارد نمودند و ملت را سرافراز كردند.
حضرت امام خميني در سخنراني 16 آبان 1358 (سه روز پس از تصرف سفارت آمريكا) با شجاعانه‌ترين مواضع انقلابي فرمودند: «شما مي‌بينيد كه الان مركز فساد آمريكا را جوانها رفته‌اند گرفته‌اند و آمريكاييهايي هم كه در آنجا بودند گرفتند و آن لانه فساد را به دست آوردند و آمريكا هم هيچ غلطي نمي‌تواند بكند و جوانها مطمئن باشند كه آمريكا هيچ غلطي نمي‌تواند بكند، بيخود صحبت اينكه دخالت نظامي است، مگر امريكا مي‌تواند دخالت نظامي در اين مملكت بكند؟ امكان برايش ندارد، تمام دنيا توجهشان الان به اينجاست. مگر آمريكا مي‌تواند مقابل همه دنيا بايستد و دخالت نظامي بكند؟ غلط مي‌كند دخالت نظامي بكند».
ايشان در فرازي ديگر از سخنانشان فرمودند: ... همه ملت ما دشمن شماره اول خودش را امروز آمريكا مي‌داند براي اينكه دشمن شماره يك ما آنها بودند. اينها اذناب آنها بودند، اينها كساني بودند كه مأموريت داشتند براي وطنشان، يعني مأموريت داشتند كه اين وطن را نگذارند كه يك قدم جلو برود. مايي كه شمايي كه و ملت ما كه دشمن شماره يكش را آمريكا مي‌داند و حالا هم كه جوانها رفتند آنها را گرفتند، ديدند كه مركز آنجا مركز توطئه بوده است، حضرت امام با نگاه دورانديشانه و چشماني باز عملكرد جريانهاي سياسي را در طول مدت 444 روز تسخير سفارت زير نظر داشتند. ايشان با توكل بر خدا و حمايت مردم، دانشجويان پيرو خط امام و نيروهاي انقلابي و ارزشي كليه تلاشهايي كه به منظور انحراف جريان گروگانگيري از مسير اصلي خود انجام شد را خنثي نمودند.
حضرت امام در برابر تلاش افراد سازشكار و ليبرالها ايستادند و مانع از آن شدند كه گروگانها از دست دانشجويان خارج شود و در راستاي سازش با آمريكا آنها را تحويل كارتر دهند.
ايشان در طول 444 روز بحران گروگانگيري، عليرغم تمام مخالفتهاي داخلي و خارجي و تهديدات آمريكا و هم‌پيمانانش با ايستادگي در برابر همه فشارها و با حمايت مردمي جريان گروگانگيري را در مسير مناسب هدايت نموده و آمريكاييها را كه به زورگويي در جهان عادت كرده بودند به پذيرش شرايط مورد نظر وادار كرده و به كشورهاي تحت ستم و جهان سومي نيز نشان دادند كه با تكيه بر نيروي ايمان و حمايت مردم مي‌توان هيبت و قدرت پوشالي ابرقدرتها را در هم شكست.