مهندس مهدي بازرگان فرداي روزي كه لانه جاسوسي آمريكا توسط دانشجويان مسلمان پيرو خط امام تسخير شد، از مقام نخست‌وزيري استعفا كرد. وي در مصاحبه خداحافظي خود چنين گفت:
ما در اين مدت گام به گام راه رفتيم و غير از اين بلد نبوديم و خيلي متأسفم از اين نقش و ضعف خودمان چون ما بشر بوديم و راه ديگري بلد نبوديم.» بازرگان در ادامه سخنان خود گفت:
«ما از اول مواجه شديم با مخالفت‌ها و مزاحمت‌هاي دشمنان. حالا هم به دوست كار ندارم و چه احزاب افراطي چپ داخلي و چه دشمنان خارجي، كه در مقاطعي به حدّي بود بطوري كه مجال فكر كردن براي اين دولت وجود نداشت. ناراحتي ما تعدّد مراكز تصميم‌گيري، تعدد بازخواست‌ كردنها، و عواملي كه عمل مي‌كند [بود] و با خود مي‌گفتيم: انشاالله يواش‌يواش خوب مي‌شود و مي‌بينيم روزي كه مملكت تكليفش روشن باشد و يك حكم و يك خدا و يك قانون و يك مجلس و يك محور باشد، و حالا خيلي متأسفم كه پس از 9 ماه كه مي‌خواهيم برويم آرزوي ما تحقق پيدا نكرده، و نگراني ما اين است كه مي‌بينيم با اين مجلس بررسي نهايي قانون اساسي، و تغييراتي كه در پيش‌نويس قانون اساسي داده‌اند، بيم آن مي‌رود تا بعد هم باز مملكت چند قطبي باشد و كسي تكليف خودش را نداند و عوامل متعددي روي دولت و مسئولين عمل بكند. قطب اداري، قطب اجتماعي، قطب سياسي، قطب ديني و قطب اقتصادي و ما با اين نگراني بزرگ ترك مي‌كنيم كه مملكت بعد از تصويب قانون اساسي باز هم دچار هرج و مرج باشد و حاكميت طبقاتي بر آن حكمفرما باشد و اميدواريم كه اين نگراني مرتفع شود.» مهندس بازرگان در مورد علت استعفاي خود اظهار داشت: «اين اواخر گفته شده كه اشغال سفارت آمريكا و گفت و شنودهاي بعد از آن موجب استعفا شده ولي به هيچ وجه اين صحيح نيست اين مسئله خيلي مسئله قديمتر از اين زمان اخير بوده است». وي افزود:
«اين مسئله كه چرا ملاقات با وزير مشاور رئيس جمهوري آمريكا در بوق و كرنا گذاشته نشده بود و يا به عرض و اجازه امام نرسيده اين ايراد به نظر من ايراد خيلي بيجائي آمد. از اينرو به احمد آقاي خميني گفتم در اين مدت من و همكاران شايد با بيش از دويست وزير و سفير ملاقات كرده‌ايم و هيچيك را به شوراي انقلاب نگفته‌ايم و نه فلان حزب و يا روزنامه و نه خدمت امام؛ و اصلاً معمول و معقول نبوده. كاردار قبلاً به ما اطلاع داد كه به الجزاير كه مي‌رويد برژينسكي هم هست و ممكن است به ملاقات شما بيايد. اينرا آقاي دكتر يزدي مي‌دانست و من از ايشان خواهش كردم كه شب قبل خدمت امام برسيم مطالب مختلف و از جمله روابط ما با آمريكا چگونه باشد و يا چگونه خوب است و ايشان چه فرمايشي دارد. اين صحبتهائي بود كه كرده‌اند. مگر من هويدا هستم و يا محمدرضا شاه كه آب خوردن را اجازه بگيريم. اگر بنا باشد نخست‌وزير، وزير امور خارجه، و وزير دفاع مورد اعتماد نباشند، و تشخيص ندهند كه وقتي با يك وزير ملاقات مي‌كنند چه بايد بگويند آنها را نبايد نگهداشت، و امام هم هيچوقت چنين توقعي از ما نداشتند. يك چيز فقط عامل استعفاي ما بود آنهم مصلحت‌انديشي به مملكت و اجازه دادن به اينكه انقلاب و جمهوريت و مملكت پيش برود. چون ما در مرحله‌اي رسيده بوديم كه مي‌ديديم بن بست است و ديواري جلوي ماست و ما نمي‌توانيم جلو برويم و راه از هر طرف بسته است و استعفاي من بدنبال استعفاي مكرر و متوالي همكارانم بود».
نتيجه كار آن شد كه بازرگان رفت بقيه هيئت دولت تحت سرپرستي شوراي انقلاب به كار خود ادامه دادند و لانه جاسوسي همچنان در تسخير دانشجويان باقي ماند.