برگزاري موفقيت‌آميز انتخابات و مشاركت گسترده مردم، اميدهاي آمريكا را در سرنگوني قريب‌الوقوع نظام اسلامي كه خبر آن مرتباً در رسانه‌هاي گروهي غرب و بيانيه‌هاي ضد انقلاب داخلي منعكس مي‌شد، بر باد داد. آمريكا و اروپا نه تنها خواست مشروع ملت و دولت ايران را در استرداد شاه و اموال و دارائيهاي بلوكه شده ايران در اين كشور كه بالغ بر 22 ميليارد دلار بود ناديده گرفتند بلكه امكاناتي وسيع در اختيار فراريان رژيم شاه گذاشتند تا عليه نظام اسلامي تشكيلات خود را در خارج كشور سازماندهي كنند. تحريكات و دشمنيهاي كاخ سفيد خشم ملت ايران را برانگيخته بود. در سال 1358 در آستانه سالگرد تبعيد امام خميني به تركيه (13 آبان) خبر ملاقات اعلام نشده آقاي بازرگان با برژينسكي مشاور امنيت ملي كاخ سفيد در الجزيره به ايران رسيد. روز 13 آبان گروهي از نيروهاي مسلمان دانشگاهي با نام «دانشجويان مسلمان پيرو خط امام» سفارت آمريكا در تهران را تسخير كرده و پس از شكستن مقاومت تفنگداران آمريكاييِ نگهبانِ سفارت، جاسوسان آمريكايي را بازداشت كردند. سندهاي بدست آمده از سفارت به تدريج در بيش از 50 جلد كتاب تحت عنوان «اسناد لانه جاسوسي آمريكا در ايران» منتشر گرديد. اين اسناد غيرقابل خدشه پرده از اسرار جاسوسيها و دخالتهاي بي‌شمار آمريكا در ايران و كشورهاي مختلف جهان برمي‌داشت و اسامي بسياري از عوامل و رابطها و جاسوسهاي آمريكا و انواع شيوه‌هاي جاسوسي و تحركات سياسي اين كشور را در مناطق مختلف جهان افشا مي‌كرد. اشغال سفارت اين كشور كه در فرهنگ انقلاب اسلامي به نام «تسخير لانه جاسوسي» معروف گرديده است، رسوايي بزرگي براي هيئت حاكمه آمريكا بود. يك روز پس از اين واقعه دولت موقت آقاي بازرگان با پذيرفتن استعفا از سوي امام خميني سقوط كرد. استعفاي شتابزدة رئيس دولت موقت (آقاي مهدي بازرگان) به اين اميد مطرح شده بود كه امام خميني واكنش نشان داده و دانشجويان را براي تخلية محل اشغل شده تحت فشار بگذارد. اما امام خميني بلافاصله استعفا را پذيرفت و فرصت را براي حاكميت نيروهاي انقلابي و كوتاه كردن دست محافظه‌كاراني كه در مدت كوتاه دولتشان با برخوردهاي ضعيف، ايران را در معرض اغتشاشات ضدانقلاب قرار داده بودند، از دست نداد.
امام خميني از حركت انقلابي دانشجويان حمايت كرد و آنرا انقلابي بزرگتر از انقلاب اوّل ناميد. واقعيت نيز چنين بود. آمريكا در انقلاب منجر به 22 بهمن رسماً از رژيم شاه حمايت مي‌كرد و رو در رو ايستاده بود اما اينك اسناد دسيسه‌هاي مخفي اين كشور و ايادي آن افشاء مي‌شدند. آمريكائيان پس از اين ماجرا به انواع روشها متوسل شدند تا ايران را وادار به تسليم كنند. ايران اسلامي رسماً از سوي آمريكا و اقمار اين كشور تحريم و محاصرة اقتصادي و سياسي شد. مردم ايران با الهام از پيامهاي امام خميني دوران سخت محاصره را آغاز كردند اما حاضر به تسليم نشدند. طرح عمليات آزاد كردن جاسوسان بازداشت شده با واقعه شگفت و معجزه‌آسا در صحراي طبس ايران، با شكست مواجه شد. روز 4 ارديبهشت 59، شش فروند هواپيماي نظامي 130C در يكي از پايگاههاي سابق نظامي آمريكا در بياباني واقع در شرق ايران فرود آمدند. اين واقعه در زمان رياست جمهوري بني‌صدر اتفاق افتاد.
قرار بود هواپيماها پس از سوختگيري و رسيدن 8 فروند هلي‌كوپتر عملياتي و نفربر به تهران پرواز كنند و با همكاري عوامل نفوذي، بيت امام و مراكز حساس ديگر را بمباران كنند. ناگهان طوفاني سهمگين شنهاي روان را در صحرا به حركت درآورد. تعدادي از هلي‌كوپترها ناگزير به بازگشت به ناو نيميتس شدند و چند فروند نيز در بيابانهاي اطراف به ناچار فرود اضطراري داشتند. يكي از آنها با هواپيماي فرود آمده برخورد كرد و هر دو منفجر شدند. در اين واقعه هشت نفر از متجاوزين نظامي آمريكا كشته شدند و جيمي كارتر، رئيس جمهور وقت آمريكا عمليات را شكست خورده و ناتمام متوقف ساخت.
مرگ شاه در تاريخ 5 مرداد 1359 در مصر عملاً يكي از شرايط ايران را كه استرداد او به عنوان جنايتكار اصلي در كشتارهاي مردم بود، منتفي ساخت. سرانجام پس از 444 روز با وساطت الجزاير و بنا به رأي نمايندگان مجلس شوراي اسلامي و بر طبق توافقنامه الجزيره بين ايران و آمريكا جاسوسان آزاد شدند و آمريكا متعهد به عدم دخالت در امور داخلي ايران و باز پس دادن اموال و دارائي‌هاي بلوكه شده ايران شد. كه هيچگاه بدان عمل نكرد. مهمترين دست‌آورد اشغال جاسوسخانه آمريكا علاوه بر تضمين ادامة انقلاب اسلامي، شكست ابهّت فرعوني آمريكا و اميدوار ساختن ملتهاي جهان سوم به امكان ايستادگي در برابر قدرتهاي بزرگ بود. بعد از اين واقعه، هيمنة اقتدار آمريكا كه سالها براي آن سرمايه‌گذاريهاي مادي و نظامي و تبليغاتي فراواني شده بود فرو ريخت و اين كشور را در كنترل جهان سوم دچار دشواريها و بحرانهاي عديده‌اي ساخت.