جناح ملی- مذهبی و طرفداران بنی صدر بیشتر به غرامت‌گیری و امتیازگیری از اموال شاه و اموال بلوکه شده ایران و دست کشیدن از خصومت با آمریکا اعتقاد داشتند، در حالیکه نمایندگان جناح اسلامی بر بعد ارزشی و آرمانی قضیه که عبارت از اثبات حقانیت و رساندن فریاد مظلومان ایران به جهان و مهمتر از همه ایستادگی در برابر آمریکا و سرمشق دادن به ملت‌های دیگر بود، تأکید کرده و خواهان تداوم مبارزه شدند.
مسائل مربوط به گروگان‌گیری در نشست‌های 21، 25 و 27 شهریور و یکم، هشتم و دهم مهر 1359 مجلس شورای اسلامی به طور مفصل مطرح و مورد بحث و بررسی قرار گرفت. جمعی از نمایندگان ابتدا پیشنهاد کردند که این مساله در جلسه ای رسمی‌ و غیرعلنی رسیدگی شود. استدلال آنان این بود که با داشتن اطلاعات کامل در این زمینه تصمیم‌گیری شود. اما پس از اعلام نظر کمیسیون سیاست خارجی و صحبت‌های مخالفین مبنی بر اینکه چنین جلسه‌ای انعکاس بدی در جامعه خواهد داشت، این پیشنهاد به رای گیری گذاشته شد که رای نیاورد. پس از آنکه پیشنهاد جلسه غیرعلنی تصویب نشد، جمعی دیگر از نمایندگان این موضوع را مطرح کردند که آیا رسیدگی به این مساله تنها در جلسه علنی تصمیم‌گیری شود یا اینکه مجلس کمیسیون ویژه‌ای را مامور رسیدگی و پیشگیری موضوع کند؟ همزمان گروهی از نمایندگان نیز پیشنهاد دادند که مساله گروگان‌ها تا زمانی که آمریکا در روش خود در مقابل انقلاب اسلامی تجدیدنظر نکند، از دستور کار مجلس خارج شود که این پیشنهاد هم تصویب نشد .
با این حال، بار دیگر گروهی از نمایندگان مجلس در نامه‌ای به‌ هاشمی ‌رفسنجانی، رئیس مجلس مباحثی تازه مطرح کردند .‌ هاشمی ‌رفسنجانی در خاطرات خود نوشته است: «از طرف گروهی از نمایندگان نامه‌ای به من داده شد که در آن پیشنهاد شده بود که پیش از انتخاب اعضای کمیسیون ویژه در خصوص کلیات مربوط به این بحث و مشخصا موضع انقلاب اسلامی ایران درباره آمریکا و اینکه آیا اساسا گروگان‌گیری یک عمل انقلابی است یا نه و آیا همان‌طور که بعضی معتقدند این گروگان‌گیری، انقلاب اسلامی را به انزوا کشانده است یا نه و مهم تر از همه در مورد اینکه آیا محاصره سیاسی و اقتصادی ایران از طرف دولت آمریکا، فقط به خاطر گروگان‌گیری بوده یا از ماهیت تجاوزکارانه آن دولت است، بحث و گفت‌وگو شود.»(انقلاب در بحران، 215) جمعی دیگر از نمایندگان پیشنهاد دادند که از دانشجویان پیرو خط امام دعوت شود تا در مجلس حضور یابند و در زمینه مسائل مربوط به سفارت آمریکا و گروگان‌ها، اطلاعاتی در اختیار نمایندگان بگذارند .‌ هاشمی‌رفسنجانی می‌گوید: «این پیشنهاد با این استدلال که پس از آنکه کمیسیون ویژه تشکیل شد، اطلاعات لازم از دانشجویان گرفته شود، به تصویب نرسید.» (انقلاب در بحران، ص 215)
  انتخاب اعضای کمیسیون ویژه رسیدگی به مساله گروگان‌ها
 سرانجام مجلس در نشست دهم مهرماه 1359 اعضای کمیسیون ویژه رسیدگی به مساله گروگان‌ها را انتخاب کرد.آیت الله سیدعلی خامنه‌ای، آیت الله محمد موسوی خوئینی‌ها، آیت الله محمد یزدی، علی اکبر پرورش، سید محمد خامنه‌ای،سید محمدکاظم موسوی بجنوردی و علی اکبر ناطق نوری به عضویت این کمیسیون در آمدند. مجلس در مصوبه خود تاکید کرد که اعضای این کمیسیون حق هیچ‌گونه مذاکره مستقیم و یا غیرمستقیم با مقامات آمریکایی را ندارند.
 براساس تصمیم مجلس "قرار شد این کمیسیون تحقیقات خود را ادامه دهد و خواسته‌هایش را مشخص و آنها را در مجلس مطرح کند تا پس از تصویب آنها از طریقی که بعدا مشخص کرده و خواهد شد، این خواسته‌ها به دولت آمریکا گفته شود و اگر آنها موافقت کردند و پذیرفتند، گروگان‌ها آزاد شوند."(انقلاب در بحران ص216)
پس از تشکیل مجلس شورای اسلامی، آمریکا طی نامه‌ای از مجلس خواست تا نسبت به آزادی گروگان‌ها تصمیم بگیرد، مجلس نیز در پاسخ به نامه آمریکا نامه‌ای تنظیم کرد و از دولت آمریکا خواست که متن نامه در رسانه‌های عمومی ‌آمریکا منعکس شود وگرنه دلیل بر عدم حسن نیت آمریکاست. مجلس در 11 آبان 1359 موضوع شرایط آزادی گروگان‌ها را بررسی کرد. در این نشست پیشنهادهای زیادی مطرح شد، پیشنهاداتی که بسیاری از آنان غیرعملی بود. یکی از پیشنهادها این بود که "آمریکا متعهد شود، شبکه‌های رادیو تلویزیونی سراسر این کشور را به طور همزمان به مدت سه ساعت در اختیار دولت جمهوری اسلامی ایران قرار دهد و دولت ایران حق داشته باشد به هر نحوی که صلاح می‌داند، از این فرصت استفاده کند." پیشنهادها دیگر این بود:"دولت آمریکا بهای نقض حقوق بشر 36 میلیون ایرانی از 28 مرداد 1332 تا به حال را محاسبه کند و بپردازد."
پیشنهادها آنقدر زیاد بود که امام روی چهار نکته تاکید کردند تا جلوی بحث‌های غیرعملی گرفته شود."عدم دخالت سیاسی و نظامی ‌آمریکا در ایران، آزادسازی سرمایه‌های ملت ایران، لغو تحریم‌های اقتصادی و مالی علیه ایران و بازگرداندن اموال شاه معدوم" این چهار شرط اصلی امام بود که مجلس هم روی آن تاکید کرد. سرانجام در 11 آبان 59 چهار شرط پیشنهادی کمیسیون ویژه درباره گروگان‌ها به تصویب رسید:
- آزاد گذاشتن تمامی‌سرمایه‌های ایران
- لغو تمام ادعاهای امریکا علیه ایران
- تضمین عدم دخالت سیاسی و نظامی‌امریکا در ایران
- باز پس دادن اموال شاه
هاشمی‌رفسنجانی در خاطرات خود نوشته است:«سرانجام این چهار شرط به تصویب رسيد و به دولت برای اجرا ابلاغ شد. کیفیت اجرا هم برعهده دولت گذاشته شد. آنچه مجلس می‌خواست این بود که چهار شرط تصویبی به نتیجه برسد. قرار شد اگر آمریکا شرایط را پذیرفت، اقدامات اجرایی صورت بگیرد و اگر نپذیرفت، پیش بینی شده بود که قوه قضائیه خود را برای محاکمه جاسوس‌های آمریکایی آماده کند.»(انقلاب در بحران، ص 264)
پس از مصوبه مجلس، دانشجویان پیرو خط امام با امام ملاقات كردند. ایشان مصوبه مجلس را تایید نمودند و مسوولیت نگهداری گروگان‌ها را به دولت واگذار کردند . دولت هم با تعیین بهزاد نبوی، مشاور امور اجرایی نخست وزیر در غیاب وزیر خارجه پیگیری مساله را آغاز کرد. در این میان با وجود ممنوعیت مذاکره مستقیم با آمریکا که در مصوبه مجلس برآن تاکید شده بود، اما حضور یک میانجی بین ایران و آمریکا ضروری بود که این کار به دولت الجزایر که حافظ منافع ایران در آمریکا بود، سپرده شد . پس از گذشت چند روز از مصوبه مجلس، مذاکرات آغاز شد.
پس از ماه‌ها مذاکره و مشورت‌های گسترده، مذاکرات به مراحل حساسی رسید .‌ هاشمی‌رفسنجانی می‌گوید: «در مراحل اولیه این مذاکرات مشخص شد که آمریکایی‌ها حاضر به پذیرش تمام و کمال مصوبه مجلس نیستند و تلاش می‌کنند به بهانه‌های مختلف و با تفسیرهای گوناگون از اجرای آن شانه خالی کنند. گاهی دولت ایران را از رونالد ریگان، رئیس جمهور آینده آمریکا می‌ترساندند و گاهی هم از حمله نظامی، تحریم اقتصادی و ایجاد بحران‌های سیاسی. اما سرانجام پس از ماه‌ها مذاکره و مشورت‌های گسترده، با درایت و دقت نمایندگان ایران و الجزایر، مذاکرات به نقطه قابل قبولی رسید و با دو لایحه‌ای که دولت توسط آقای بهزاد نبوی [در تاریخ 22 دی 1359] در ارتباط با حل و فصل اختلافات مالی و حقوقی ایران و آمریکا و بازپس گرفتن اموالی شاه و بستگانش، به مجلس ارائه کرد و به تصویب رسید، مذاکرات سرعت بیشتری گرفت و به امضای سه سند [در تاریخ 29 دی 1359] که به بیانیه الجزایر معروف گردید، منجر شد.»(انقلاب در بحران ص 343) در این بیانیه بر عدم مداخله آمریکا در امور ایران، استرداد دارایی‌های ایران که در اختیار بانک‌های آمریکایی بود، لغو تحریم‌های تجاری و ادعاهای بی‌اساس آمریکایی‌ها و نیز برگشت دارایی‌های خانواده شاه سابق تاکید شده بود.
سرانجام پس از کش و قوس‌های فراوان و بعد از آنکه دولت‌های ایران و آمریکا، بیانیه حل و فصل اختلافات را که توسط دولت الجزایر و با توافق طرفین تنظیم شده بود، امضا کردند و آمریکا عملا شرایط آن بیانیه را پذیرفت، بیش از 50 گروگان آمریکایی پس از 444 روز، اجازه خروج از ایران را در تاریخ 30 دی 1359 به دست آوردند .
جیمی‌ کارتر بسیار کوشش کرد پیش از انتخابات ریاست جمهوری، مساله گروگانها حل شود و حتی نامه خصوصی نوشت و هیاتی برای مذاکره فرستاد تا با حل مساله گروگان‌ها بتواند آراء را جلب کند اما ایران مساله را تا پس از انتخابات ادامه داد و موجب شکست کارتر در انتخابات شد. با این حال کارتر حتی تا آخرین ساعات ریاست جمهوری اش می‌کوشید مساله گروگانها به دست خودش فیصله پیدا کند.
صدور بیانیه الجزایر و آغاز انتقادات داخلی به نتیجه مذاکرات
 پس از انتشار بیانیه، در ایران هیچکس حاضر به قبول مسئولیت اجرای آن نبود. زیرا همانطور که در طول مذاکرات بعدی هم دیده شد وضع اداری کشور درهم ریخته بود و دسترسی به اطلاعات لازم و نیروی کارشناسی قوی میسر نبود. وزارت‌خارجه و دارایی که می‌بایست بزرگترین نقش را در مذاکرات ایفا کنند به دلیل مخالفت بنی صدر رئیس جمهور وقت با وزیران پیشنهادی شهید رجایی نخست وزیر، فاقد وزیر بودند، گرچه مسئولان و کارشناسان هر دو وزارتخانه در حد توان خود کمک‌های شایانی در این زمینه کردند ولی بدون شک هماهنگی‌های کامل و لازم وجود نداشت. بانک مرکزی که یکی از طرف‌های اصلی درگیر در مذاکرات باید باشد تحت سرپرستی علیرضا نوبری، مهره بنی صدر بود و از کنترل دولت رجایی خارج بود و صرفا همکاری فردی بعضی از اعضای کاردان بانک مرکزی بود که امکان ادامه مذاکرات را فراهم آورد.
از نظر وجود کارشناسان حقوق بین‌الملل نیز تیم کارشناسی ایران فاقد امکانات بود و به رغم همکاری توام با فداکاری حقوقدانان جوان، به دلیل وجود بعضی از مسائل مانند " تابعیت مضاعف" کمتر مورد توجه قرار گرفت که بعدها منشاء مشکلاتی برای تیم مذاکره و انتقادات و خرده گیری‌هایی به آنان شد.
  بطور کلی تیم کارشناسی که در نخست وزیری مستقر بوده و مذاکرات را پشتیبانی می‌کرد از شمار انگشتان یک دست تجاوز نمی‌کرد، در حالی که طرف مقابل فقط ده‌ها کارشناس به همراه وارن کریستوفر معاون وزارت خارجه آمریکا را در طول مذاکرات در الجزایر مستقر کرده بود. (مجله سیاست خارجی. ش 3. سال پنجم پائیز 1370. مقاله: پاسخ‌هایی به نقد بیانیه عمومی ‌الجزایر. بهزاد نبوی. ص 677 )
" در خصوص مواجهه با دعاوی حقوقی هیچگونه تعادلی در توان طرفین از هیچ حیث موجود نبود. در حالی که بعد از آزادی گروگان‌ها در ایران، فعالیتی در زمینه بیانیه الجزایر نمی‌شد در آمریکا 900 مؤسسه حقوقی تلاش می‌کردند و هر هفته در این زمینه یک مجله منتشر می‌کردند." (مجله سیاست خارجی ش 4. سال چهارم. زمستان 1369. مقاله: دیوان داوری ایران - ایالات متحده. غلامرضا نظربلند. ص 605)
ضعف شدید اطلاعات و آمار و فقدان اسناد و مدارک لازم در مورد ادعاهای ایران که ناشی از درهم ریختگی اداری پس از انقلاب بود نیز وجود داشت. پس از امضای بیانیه الجزایر، برخلاف ماه‌های مذاکره و حتی لحظه‌ها قبل از امضای بیانیه که همه جناح‌ها سکوت اختیار کرده بودند (و اگر هم مطلبی مطرح کرده بودند اتفاقا در جهت متهم کردن دولت به کارشکنی در حل و فصل سریع و فوری مساله گروگان‌ها و طولانی کردن آن بود) زبان به انتقاد از بیانیه گشوده و حتی تهمت خیانت به دولت زدند که در راس این عده بنی صدر بود. او علاوه بر طرح مساله در مصاحبه‌ها و مقالات متعدد بویژه در روزنامه متعلق به خود، رسما اعلام جرمی‌ را علیه رجایی نخست وزیر و بهزاد نبوی، وزیر مشاور و مسئول هیات حل و فصل مساله گروگان‌ها تسلیم قوه قضائیه کرد. روزنامه انقلاب اسلامی ارگان بنی صدر و روزنامه میزان ارگان نهضت آزادی طی ده‌ها شماره به نقد بیانیه پرداختند و آنرا خیانتی جبران ناپذیر عنوان کردند . بسیاری از گروه‌های سیاسی هم با استفاده از همین شرایط به تشدید تضادها و حمله به دولت می‌پرداختند .
فراخواني بهزاد نبوی و شهید رجایی به مجلس
از آنجا که یک طرف ماجرا رئیس جمهور کشور بود، دولت رجایی ناچار بود سکوت کند. شهید رجایی و بهزاد نبوی به دیدار امام خمینی رفته و درخواست کردند که به دولت اجازه پاسخگویی به رئیس جمهور داده شود اما توجه به خطر تعمیق شکاف‌های داخلی در شرایطی که ضد انقلاب داخلی و دشمن خارجی در کمین بود، موجب شد که امام خمینی، مصالح نظام و ضرورت عدم درگیری دولت و رئیس جمهور را یادآور شده و اجازه مقابله ندادند. مهندس بهزاد نبوی که خود یکی از اهداف این تهاجمات بود در جلسه رسمی ‌و غیرعلنی مجلس شورا به ارائه یک گزارش چهار ساعته و مفصل درباره بیانیه الجزایر و پاسخ به تهمت‌ها پرداخت.
مساله بیانیه الجزایر در چنین شرایطی مطرح بود و هیچکس حاضر به پذیرش ریسک مسئولیت پر مخاطره آن نبود. از طرفی حل فوری‌تر مساله گروگانها اقدامی حیاتی بود و اتفاقا همه مخالفین تا پیش از بیانیه الجزایر دولت را بخاطر اینکه به حل سریع مساله نمی‌پردازد مورد حمله قرار می‌دادند. یکی از انتقادها این بود که دولت از اجرای مصوبه تخلف کرده است. بهزاد نبوی در این رابطه می‌گوید:« آیا مصوبه مجلس شورای اسلامی در مورد حل و فصل مساله گروگان‌ها "قانون" بود که نتوان از آن تخلف کرد؟» سپس با ارائه مدارک و دلایلی توضیح می‌دهد که این مصوبه مراحل مندرج در قانون اساسی را پشت سر نگذاشته است. طبق قانون اساسی مراحل لازم برای قانونی شدن یک مصوبه این است که ابتدا بصورت طرح یا لایحه توسط نمایندگان یا دولت به مجلس تقدیم شده سپس به تایید شورای نگهبان رسیده و پس از امضای رئیس مجلس به نهاد ریاست جمهوری ابلاغ می‌شود تا اجرا گردد . اما مصوبه مذکور صرفا یک اعلام نظر و رهنمود مجلس به دولت بر مبنای رهنمودهای امام خمینی رهبر انقلاب بوده است و دولت می‌بایست در چارچوب آن به تشخیص خود، نسبت به انتخاب روش‌های اجرایی مناسب اقدام کند. (سیاست خارجی ش 3. سال پنجم پائیز 1370. مقاله بهزاد نبوی.)
 
بدون شک آمریکایی‌ها توانسته بودند با استفاده از حقوقدانان متبحر خود نقاط ابهامی ‌را در بیانیه بوجود آورند که بعدها طرف ایرانی را گرفتار مشکلات فراوانی می‌کرد اما نباید غافل بود که مقامات آمریکایی نیز بخاطر قبول امضای بیانیه الجزایر با انتقادها و اعتراض‌ها و فشارهای زیادی از طرف افکار عمومی‌ و جناح‌های داخلی حکومت خود مواجه بودند و استناد به این اظهارات و تایید کامل آنها که بیشتر با هدف مصرف داخلی در امریکا ایراد شده بود، محققانه نیست زیرا در ماده 1 بیانیه آمده است: "ایالات متحده آمریکا تعهد می‌کند که سیاست ایالات متحده این است و از این پس این خواهد بود که بصورت مستقیم یا غیر مستقیم، سیاسی یا نظامی‌در امور داخلی ایران مداخله ننماید." در یکی از مقاله‌هایی که در انتقاد از بیانیه الجزایر نوشته شده، انتقادی را که مخالفین در همان سال (59) مطرح کرده‌اند، سال‌ها بعد این‌چنین تکرار می‌کند: همانطور که از انشای این ماده برمی‌آید، ایالات متحده نه تنها هیچ تعهدی در عدم مداخله در امور داخلی ایران نداده است بلکه هیچ اعترافی حتی بطور ضمنی و تلویحی هم به اینکه در گذشته این کار را می‌نموده نکرده است. به نظر ما برخلاف جنجال‌هایی که بعد از صدور بیانیه‌ها به راه انداخته شد مبنی بر اینکه آمریکا به دخالت در امور داخلی ایران اعتراف کرده است و متعهد به ترک این فعل از این به بعد شده است نه آن فعل مورد اعتراف واقع شده و نه این ترک فعل تعهد گردیده است". (مجله سیاست خارجی. ش 4. سال چهارم. زمستان 1369 مقاله: غلامرضا بلند نظر)
بهزاد نبوی در پاسخ می‌گوید:« جمله مزبور (ماده 1) قطعنامه در هر مرجعی تعهد به عدم مداخله در آینده است ولی در مورد اعتراف به مداخله در گذشته همانطور که شهید رجایی در گزارش رسمی‌ خود به مجلس شورا در جلسه علنی مورخ 6/11/1359 و بنده در جلسه رسمی ‌و غیر علنی مجلس که پس از صدور بیانیه الجزایر تشکیل شده بود صریحا اظهار داشته‌ایم، گرفتن چنین اعترافی از یک کشور و آن‌هم یک ابرقدرت، بصورت رسمی ‌و در چارچوب یک سند بین‌المللی امکان پذیر نبوده و نیست. (مگر قدرت‌های پیروز جنگ جهانی دوم از آلمان هیتلری یا متحدین جنگ خلیج فارس از عراق شکست خورده) و اصولا هدف مجلس شورای اسلامی نیز گرفتن تعهد مبنی بر عدم مداخله در آینده بوده نه گرفتن اعتراف به گناه. آنانکه حتی از دور دستی بر آتش نداشته‌اند طبیعی است که ندانند که انشای همین جمله مذکور در ماده یک بدنبال چه مذاکرات طولانی و چقدر مباحثه و مجادله امکان پذیر شده است. والا اولین عبارت پیشنهادی آمریکا بسیار کمرنگ و در حد تعهد بر عدم مداخله در آینده همچون گذشته بود... بطوری که ملاحظه می‌شود اگر دولت شهید رجایی "جنجالی" هم کرده است در جهت عکس ادعای فوق بوده که در گزارش او به مجلس مشاهده شد.»
شهید رجایی در گزارش خود به مجلس می‌گوید: « در هیچ شرایطی تعهداتی بیش از آنچه که این دولت از آمریکا گرفته قابل وصول نبوده و نخواهد بود...آنچه به دست آمده بالاترین تعهداتی است که می‌توان از آمریکا با توجه به قوانین آن کشور گرفت... ذکر این نکته نیز ضروری است که حتی اگر جاسوسخانه اشغال نمی‌شد ما هرگز موفق به گرفتن این مقدار از حقوق و دارایی‌ها و تعهد مابقی آن از آمریکا نمی‌شدیم.»