ادعاهاي مخالفان بيانيه الجزاير را به شرح زير دسته‌بندي كرد: ما پس از بيان اشكالات، به نقل پاسخ‌هاي ممكن نيز مي‌پردازيم و قضاوت در اين مورد را به خوانندگان عزيز واگذار مي‌كنيم.

اشكال اول
بيانيه‌ي الجزاير در برخي موارد با متن چهار شرط مجلس اختلاف دارد؛ بنابراين دولت در اجراي مصوبه‌ي مجلس تخلف كرده است. 
پاسخ: شرايط مجلس، قانون ـ به معناي مصطلح ـ نبوده تا دولت مكلف به رعايت دقيق آن بوده باشد، بلكه مصوبه‌ي مجلس تنها در راستاي تعيين چارچوب مذاكرات بوده تا دولت بتواند در مراحل مختلف مذاكره مانور بدهد. مراحل معمول در مورد ساير قوانين در مورد اين مصوبه طي نشد و اين مهم‌ترين دليل بر قانوني نبودن آن است. اين مصوبه در مجلس به صورت طرح و لايحه مطرح نشد و براي تصويب به شوراي نگهبان ارسال نشد. اين مصوبه به امضاي رئيس جمهور نرسيد و در روزنامه‌ي رسمي كشور نيز منتشر نشد و تنها به صورت اعلام نظر و رهنمود‌هاي مجلس به دولت تلقي شد. 

اشكال دوم
در يكي از ماده‌هاي بيانيه آمده است:‌
«ايالات متحده‌ي آمريكا تعهد مي‌كند كه سياست ايالات متحده اين است و از اين پس اين خواهد بود كه به صورت مستقيم و يا غير‌مستقيم، سياسي و يا نظامي در امور دخلي ايران مداخله ننمايد.»
منتقدان سياسي براساس اين ماده معتقدند كه آمريكا هيچ تعهدي در مورد مداخله نكردن در امور داخلي ايران نداده است و هيچ اعتراضي حتي به صورت ضمني و تلويحي مبني بر اينكه در گذشته اين دخالت را انجام داده نكرده است.
پاسخ: بهزاد نبوي كه خود به وجود چنين شبهه‌اي واقف است در پاسخ مي‌گويد:
«گرفتن چنين اعترافي (دخالت در گذشته) از يك كشور (آن هم يك ابرقدرت) به صورت رسمي و در چارچوب يك سند بين‌المللي امكان پذير نبوده و نيست. اصولاً هدف مجلس شوراي اسلامي نيز گرفتن تعهد مبني بر عدم مداخله در آينده بوده، نه گرفتن اعتراف به گناه.» 
وي همچنين معتقد است كه عبارت از اين پس، در بردارنده‌ي مضمون عدم مداخله در امور ايران در آينده است. 

اشكال سوم
اشكال سومي كه كارشناسان مطرح مي‌كنند و بهزاد نبوي نيز به آن پاسخ داده است، بيشتر به جهان‌بيني قوانين حقوق غرب و تضاد آن با طرز تفكر نظام انقلابي ايران، كه مبتني بر ارزش‌هاي اسلامي و نه غربي است، برمي‌گردد. بر اين اساس، ايران نبايد اصل داوري را قبول مي‌كرد؛ زيرا ساختار ترسيم شده براي اداره‌ي امور ديوان لاهه در هلند همان قوانين و مقررات سازمان ملل است و اصولي كه بر نظام حقوقي بين‌المللي حاكم است، به طور كلي زاييده‌ي جهان‌بيني غرب است و هدف آن حمايت از نظام سرمايه‌داري است و نمي‌توان اين نظام حقوقي را حاكم بر داوري انقلاب و آمريكا قرار داد.
پاسخ: نبوي اين اشكال را به اين شكل پاسخ مي‌گويد: حل و فصل تمامي دعاوي ايران و امريكا طي يك مرحله و در شرايطي كه دولت جمهوري اسلامي بر قطع روابط سياسي و اقتصادي با آمريكا تأكيد داشته، نمي‌توانست دربرگيرنده‌ي حفظ منافع ملي باشد و ارجاع دعاوي به ديوان داوري، اصولي‌ترين و مناسب‌ترين روش حل و فصل اختلافات مالي و حقوقي ايران و آمريكا بوده است. 
 علاوه بر اين، برخي كارشناسان نيز معتقدند اهميت ديوان داوري در آن است كه چندين سال به امور بين دو كشور كه حتي رابطه‌ي سياسي با هم ندارند، رسيدگي كرده و به كار خود ادامه داده است. اين امر نشان مي‌دهد كه ابزار‌هاي حقوقي براي حل و فصل مسالمت‌آميز بحران‌هاي سياسي بين كشور‌هايي كه قطع‌ رابطه‌ي سياسي كرده‌اند نيز مؤثر و كارآمد است. 

اشكال چهارم
منتقدان بيانيه معتقدند رقم سپرده‌هاي بانكي ايران در بانك‌هاي آمريكايي و شعبه‌‌هاي اروپايي آنها بيش از 10 ميليارد دلار بوده است و خواسته‌ي مجلس از سوي اشخاص مذاكره‌كننده‌ي ايراني (بهزاد نبوي و مشاور حقوقي وي افتخار جهرمي) به درستي اجرا نشد. از مجموع سپرده‌هاي بانكي ايران تنها رقمي حدود 4 ميليارد دلار در دو مرحله، بخشي در زمان امضاي موافقتنامه ـ در دي ماه 1359 ـ و بخشي در تابستان 60[13]، به حساب بانك مركزي ايران واريز شد. بقيه‌ي اين سپرده، به ايران بازپرداخت نشد و به گونه‌اي واقعي در اختيار دولت ايران قرار نگرفت. بيشتر اين سپرده‌ها به بازپرداخت تعهدات ايران به مؤسسات و شركت‌هاي آمريكايي تعلق گرفت، در‌حالي‌كه در مصوبه‌ي مجلس شوراي اسلامي از مذاكره‌كنندگان ايراني خواسته شده بود تا تمامي سپرده‌هاي ايران آزاد شده و در اختيار دولت گذاشته شود. 
پاسخ: در مورد آزاد شدن سپرده‌هاي ايران نزد بانك‌هاي آمريكايي، بهزاد نبوي معتقد است كه تمام اين وجوه، غير از اقساط بدهي‌هاي ايران به بانك‌هاي آمريكايي كه مي‌بايست پرداخت مي‌شد، به ايران مسترد شدند و به هيچ‌وجه سپرده‌ي بانكي و طلاي ايران در اختيار آمريكا نيست. 

اشكال پنجم
منتقدان بيانيه مي‌گويند: «در مصوبه‌ي مجلس شوراي اسلامي صريحاً، استرداد كليه اموال و دارايي‌هاي ايران در آمريكا و يا مؤسسات متعلق به دولت يا اتباع آمريكا درخواست شده بود. اما به خاطر عدم صراحت در بند 9 بيانيه‌ي الجزاير، دولت آمريكا با استناد به قوانين داخلي خود ـ كه صدور اسلحه به كشور‌هاي درگير جنگ را محدود مي‌كند ـ از استرداد اموال نظامي ايران خودداري كرد. براساس بند 9، دولت آمريكا متعهد شده بود كه با در نظر گرفتن مقررات اين كشور ترتيبي بدهد تا همه‌ي اموال ايران را مسترد كند.» 
پاسخ: نبوي در مورد عدم استرداد اموال ايران مي‌گويد:‌«قسمت اعظم اموال و دارايي‌هاي غير‌نظامي، به ايران باز پس داده شد و قسمت كمي كه باقي مانده ربطي به بيانيه نداشته و ناشي از تخلف آمريكاست. آمريكا در بازپس دادن اموال باقي‌ مانده و نيز اموال نظامي ما از بيانيه تخلف كرده و دليل آن را نيز موضع خصمانه‌ي دو كشور نسبت به همديگر عنوان نموده است. به قرار اطلاع، داوري نيز استدلال مزبور را نپذيرفته و به آمريكا تكليف كرده كه وجوه يا اموال نظامي توقيف شده را به ايران بپردازد كه ظاهراً آمريكا هم اصل بازپرداخت وجه مربوطه را پذيرفته است؛ ولي در مورد ميزان آن هنوز اختلاف نظر وجود دارد.» 

اشكال ششم
آمريكا اموال و دارايي‌ شاه و بستگانش را تحويل نداد.
پاسخ: نبوي ضمن تأييد اين مطلب معتقد است كه مشكل اساسي، نبود اطلاعات در مورد اموال مزبور بوده تا از طرف مقابل درخواست حكم توقيف شود. در صورت ارائه‌ي اطلاعات دقيق، هيچ منع قانوني جهت مبادرت به اقدامات اجرايي وجود نخواهد داشت. 

اشكال هفتم
با توج به اينكه در بيانيه‌ي دومي كه براي حل اختلافات مالي دو دولت تنظيم شده بود، راه براي شكايت سياسي ايرانياني كه علاوه بر تابعيت ايراني از تابعيت آمريكايي نيز برخوردار بودند، هموار شده است، به دنبال شكايت‌هاي ايرانيان مهاجر به ايالات متحده كه برخي از آنها از سرسپردگان رژيم سابق بودند، صدها ميليون دلار پول از حساب ايران به اين افراد پرداخت شد.
پاسخ: بهزاد نبوي كه خود اين مشكل را قبول دارد، آن را ناشي از مشكلات كارشناسي در هنگام مذاكرات مي‌داند. وي معتقد است آمريكا از تعريف كلمه‌ي تبعه سوء برداشت نموده است، اما مي‌افزايد با تصويب طرح «تابعيت غالب و مؤثر» توسط ديوان داوري در قبال تابعيت مضاعف تقريباً، همه‌ي ايرانيان فراري در جريان انقلاب اسلامي از طرح دعوي عليه ايران محروم شدند. براساس اين طرح، كليه افرادي كه به هر دليل تابعيت مضاعف دارند، بايد يكي از دو تابعيت خود را انتخاب و براساس آن رفتار كنند و تابع قوانين و مقررات ناشي از آن تابعيت باشند. 
مي‌توان گفت كه بيانيه‌ي الجزاير در مجموع، دستاوردي مثبت براي ايران محسوب مي‌شود و برخي ضعف‌هاي آن نيز ناشي از ناهماهنگي‌هاي دوران اوليه‌ي انقلاب، كمبود نيروي متخصص در عرصه‌ي حقوق بين‌الملل و به ويژه، كارشكني بني‌صدر و رئيس بانك مركزي وي در برابر دولت شهيد رجايي بوده است. علاوه بر اين، نتايج سياسي اين بيانيه، بيش از دستاورد‌هاي مادي آن براي ايران اهميت داشته است. شايد نگاهي به تحليل آقاي هاشمي رفسنجاني ـ از شرايط آن زمان ـ به فهم مسأله كمك بيشتري كند:‌
«مجلس موافقت كرد كه دولت اقدام و مصوبه‌ي مجلس را اجرا كند. مذاكرات در يك مقطع حساسي انجام شد. دولت آمريكا عجله داشت قصه زودتر تمام شود، تا در انتخابات از آن استفاده كند. شايد حزب رقيب آنها مايل بود [آزادي گروگان‌ها] به تأخير بيفتد؛ لذا پشت پرده، از طرف آمريكايي‌ها مسائلي در جريان بود... وقتي كه مجلس تشكيل شد، شوراي انقلاب دوره‌اش تمام شد و در جريان حل مسأله نبود. البته قبل از تشكيل مجلس، در جريان مراحل مختلف قضيه بود. مسؤوليت با مجلس بود و كار اجرايي‌اش را دولت مي‌كرد. آقاي بهزاد نبوي ـ كه معاون اجرايي دولت بود ـ قضيه را پيگيري مي‌كرد. نهضت آزادي عملكرد آقاي بهزاد نبوي را قبول نداشتند و به آن تفاهم كه شده بود، اعتراض‌هايي داشتند، ولي مجلس كار هيأت را پذيرفت. آقاي بهزاد نبوي با شهيد بهشتي هم كار مي‌كردند و به من هم كه رئيس مجلس بودم، پيشرفت كار را گزارش مي‌‌داد. در مجموع، وقتي درباره‌ي بيانيه‌ي الجزاير تفاهمي حاصل شد، در داخل كشور اتفاق نظر وجود نداشت. مخالفان دولت، ملي‌گراها و نهضت آزادي‌ها مي‌گفتند كه بيانيه خوب تنظيم نشده، ولي نيرو‌هاي انقلابي و مجلس از بيانيه حمايت مي‌كردند.» 
به نظر مي‌رسد لازم است براي رفع كم‌دقتي‌هاي احتمالي در تنظيم بيانيه‌ي الجزاير و مقابله با كلمات دو پهلويي كه راه فراري براي برداشت منفعت‌طلبانه‌ي طرف آمريكايي باقي مي‌گذارد، اين پرونده مورد بازخواني دوباره‌ي مسؤولان امر قرار گيرد و بند‌هاي معقول با نگاه علمي و كارشناسي و طرح دوباره‌ي آن در مراجع ذي‌صلاح اصلاح شود.