جدا از فشار‌ها و محدوديت‌هاي اقتصادي، سياسي و نظامي‌اي كه ايالات متحده‌ آمريكا عليه ايران به بهانه‌ تسخير لانه‌ي جاسوسي اعمال كرد و اين خود باعث تيره‌تر شدن روابط دو كشور گرديد، تسخير سفارت آمريكا در تهران توسط انقلابيون باعث آثاري در درون نظام جمهوري اسلامي نيز شد كه برخي از منتقدين دولت موقت، استعفاي دولت موقت را در رابطه با آن مورد بررسي قرار مي‌دهند.
در خصوص دلايل و انگيزه‌هاي استعفاي بازرگان نظرات متفاوتي ابراز شده است. هم‌چنان كه در متن استعفا نيز ملاحظه مي‌شود، بازرگان هيچ‌گونه اشاره‌اي به تسخير سفارت و يا مربوط نمودن استعفا به آن ننموده است. بلكه استعفا را به دليل مشكلات و عللي كه از گذشته وجود داشته و كماكان ادامه يافته، دانسته است. او در مصاحبه‌اي كه به دنبال اعلام استعفا انجام داد گفت:‌
«هيچ‌گونه ارتباطي اين استعفا با جريان اشغال سفارت نداشته و همان‌طور كه در عبارت استعفا آمده اين موضوع سابقه 9 ماهه دارد.» 
بازرگان در سخنراني «خداحافظي با ملت» مجدداً اين تصور را كه حمله و تصرف سفارت آمريكا و گفت و شنود‌هاي بعد از آن باعث استعفا و سقوط دولت شده باشد نفي نمود و گفت: «به هيچ وجه من الوجوه اين صحيح نيست».  بازرگان بعد‌ها نيز با اشاره به آنكه گروه‌هاي چپ و افراطي مخالف اصرار داشتند كه استعفاي دولت موقت را «سقوط دولت موقت» بنامند و معلول گروگان‌گيري و افشاگري بدانند، گفت: «عمل گروگان‌گيري دانشجويان كوچك‌ترين تأثيري در تصميم دولت موقت و تقديم استعفاي قطعي براي امام (ره) را نداشت.» 
برخلاف مهندس بازرگان كه بر عدم وجود هر گونه رابطه‌اي بين اشغال سفارت و استعفاي دولت، اصرار مي‌ورزيد، برخي از مخالفين و منتقدين دولت موقت تسخير سفارت را عمده‌ترين عامل سقوط دولت دانسته‌اند. «چون اين حركت مورد تأييد وسيع مردم، روحانيت و رهبر انقلاب بود و با معيار‌ها و سياست‌هاي ليبرال‌ها منافات داشت، دولت موقت تنها چاره را در استعفا و كناره‌گيري ديد... اگرچه مهندس بازرگان در نوشته‌هاي خود سعي نموده است مسئله استعفاي خود را با جريان اشغال لانه‌ جاسوسي ارتباط ندهد ولي كمتر كسي است كه باور كند بدون اشغال سفارت امريكا در روز سيزدهم آبان 1358، دولت موقت در روز چهاردهم آبان استعفا مي‌داد.» 
ابراهيم اصغرزاده يكي از اولين آثار و نتايج اشغال سفارت را سقوط دولت موقت مي‌داند. او با اشاره به آنكه برخي از نويسندگان و روشنفكران ملي‌گرا مدعي هستند كه دولت موقت استعفا داده و نه آنكه به صورتي قهري ساقط شده باشد، مي‌گويد: «اين استدلال همانند شوخي است كه بگوييم شاه از ايران با اراده و خواست خودش رفت».
عباس عبدي گامي فراتر نهاده و مدعي است: «پيش‌بيني مي‌شد كه در صورت موفقيت برنامه، دولت موقت استعفا دهد و اين امر نيز نوعي هدف مطلوب تلقي مي‌شد؛ خصوصاً كه دولت موقت در جريان يك فرايند انقلابي سقوط مي‌كرد».
حجت‌الاسلام خوئيني‌ها نيز از استعفاي دولت به عنوان «يكي از دستاورد‌هاي بسيار با ارزش انقلاب دوم» ياد كرده است و مي‌افزايد: هدف از استعفاي دولت، تنها گذاردن انقلاب و امام(ره) بود. مي‌خواستند با اين استعفا، رهبري انقلاب را در برابر يك مشكل عظيم قرار دهند تا ناگزير در انتخاب مبارزه با آمريكا و بر سر كار نگهداشتن آنها، مبارزه با آمريكا را رها كرده و آنها را سركار نگاه دارد. گمان مي‌كردند با اين استعفا، امام(ره) را در يك بن‌بستي قرار مي‌دهند كه امام(ره) ناگزير مي‌شود به دانشجويان دستور بدهد از محلي به نام سفارت بيرون بيايند. 
به هر حال،تسخير لانه جاسوسي، چه به طور مستقيم و چه به طور غير‌مستقيم، تأثير خود را روي استعفاي دولت موقت گذاشت و به تبع آن بر روي روابط ايران و ايالات متحده زيرا اگرچه با وجود دولت موقت، اميدواري جهت عادي شدن روابط با ايالات متحده هنوز وجود داشت، ولي با استعفاي او اين اميد نيز بر باد رفت.